Microbiologia Ambiental estuda os microrganismos, particularmente bactérias e fungos que desempenham papel importante na decomposição de matéria orgânica e a reciclagem dos elementos químicos da natureza (ciclos biogeoquímicos). De modo geral, esses microrganismos efetuam a bioconversão de resíduos orgânicos em combustíveis alternativos como metano, hidrogênio, gás sulfídrico. Por sua vez, a Bioremediação consiste no uso de microrganismos para decomposição de substâncias tóxicas liberadas no meio ambiente devido a acidentes ou à atividade industrial. No processo de reciclagem dos elementos químicos estão envolvidos os ciclos de compostos de C (CO2, CO, CH4, CnHnOn, dentre outros), N (N2, NO, NH3, aminas e compostos orgânicos nitrogenados), S (S, H2S, SO2, S2O3, SO4 e compostos orgânicos de S), Fe (sais de ferro, íons ferrosos e férricos e compostos orgânicos contendo Fe), bem como Mn, Mg, Mo entre outros (sulfato de manganês e compostos orgânicos contendo Mn, Mg, Mo dentre outros), e diversos tipos de compostos contendo oxigênio.
Os microrganismos desse grupo estão também relacionados com a taxonomia e as atividades associadas com as águas dos mares, lagos e rios (Microbiologia Aquática) bem como com o tratamento e reciclagem das águas para torná-las potáveis, tendo em vista que muitos patógenos são transmitidos em águas de beber e águas destinadas à recreação. Muito embora as condições existentes nos ambientes marinhos e de água doce como pH, pressão osmótica, disponibilidade de nutrientes torna os muitos dos microrganismos incapazes de crescer nesses ambientes. Outro aspecto da microbiologia ambiental está associada com o uso de microrganismos para decompor a matéria orgânica no tratamento secundário dos resíduos de esgotos. A avaliação da qualidade desses resíduos é feita através da avaliação quantitativa e qualitativa (ausência de patógenos) para assegurar a correta disposição dos mesmos após o tratamento de efluentes e esgotos (Microbiologia Sanitária)
A Microbiologia do Solo: praticamente todos os microrganismos existentes na natureza possuem representantes no solo. Quando um microbiologista procura um determinado organismo o solo é a sua primeira consulta. Tendo em vista a composição do solo (rochas, minerais, água, gases e matéria orgânica humos) oriunda de vegetais, animais e microrganismos, muitos grupos taxonômicos de microrganismos estão presentes no solo influindo na sua fertilidade, consequentemente também associada à reciclagem dos elementos químicos.
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